Sebuah film yang sangat eksperimental menyajikan cerita di luar urutan kronologis yang terjadi 15 tahun setelah bencana yang hampir apokaliptik, tentang empat anak berusia 14 tahun yang mengalami trauma yang ditugaskan untuk mengemudikan senjata penentu humanoid raksasa yang disebut Evangelion, orang dewasa yang secara psikologis tidak dapat menyesuaikan diri yang menangani dan memerintahkan mereka, dan peristiwa-peristiwa serta kekuatan-kekuatan yang mempengaruhi mereka atau yang mereka ambil bagian di dalamnya ketika mereka melawan penjajah besar-besaran yang dikenal sebagai “Malaikat.”